Στο χρονικό διάστημα από το 1991 έως το 2006, η περιοχή της Μητρόπολης αποτέλεσε αντικείμενο αρχαιολογικής μελέτης από τους συνεργαζόμενους φορείς της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ηρακλείου, της Ιταλικής Αρχαιολογικής Σχολής Αθηνών και του Πανεπιστημίου της Μπολόνια.
Οι πρώτες κατασκευές που ήρθαν στο φως, κατά τη διάρκεια σωστικών ανασκαφών, αποδίδονται σε μια πεντάκλιτη βασιλική, μήκους άνω των 60 μέτρων, με πολυάριθμα προσκτίσματα και ένα μνημειακό βαπτιστήριο.
Την έρευνα πεδίου ακολούθησαν πολυετείς περίοδοι μελέτης του αρχαιολογικού υλικού με στόχο τη γενική δημοσίευση, καθώς και την εκπόνηση ενός σχεδίου αποκατάστασης και ανάδειξης. Φέτος ξεκίνησαν νέες ανασκαφές, στο πλαίσιο μιας πενταετούς συνεργασίας υπό τη διεύθυνση της Isabella Baldini (Πανεπιστήμιο της Μπολόνια) και της Βασιλικής Συθιακάκη (Εφορεία Αρχαιοτήτων Ηρακλείου).
Το 2023, η έρευνα επικεντρώθηκε σε τρεις νέες περιοχές στις οποίες εντοπίστηκαν τα κατάλοιπα δύο χώρων, που επικοινωνούσαν με τον νάρθηκα και οι οροφές των οποίων διακοσμούνταν με ψηφιδωτά και τοιχογραφίες, ενώ εντοπίστηκε και μια σειρά δωματίων που επικοινωνούσε με το πρεσβυτέριο η χρήση των οποίων καλύπτει το χρονικό διάστημα από τον 7ο αιώνα έως και την ενετική περίοδο.