Gli archivi della SAIA conservano la documentazione delle ricerche italiane in Grecia, Albania, Cipro, Cirenaica, Irak, Tunisia e Turchia, condotte a partire dal 1884: 121.000 fotografie, 18.750 diapositive, 7.500 disegni, 37.400 schede di ritrovamenti, taccuini, relazioni di scavi, ricognizioni e viaggi, documenti istituzionali, amministrativi e personali.

Gli archivi sono pubblici e liberamente consultabili, a eccezione delle copie dei documenti della Soprintendenza Italiana del Dodecanneso, che si possono visionare con l'autorizzazione del Ministero Greco della Cultura cui appartengono. Il diritto per la pubblicazione di apografi è autorizzato dalla SAIA.

Nel 2017 è iniziata la digitalizzazione degli archivi per la consultazione open access, con il sostegno della Direzione Generale Archivi del MIBACT.